Runājot par pielietojumu, magnētiskās bumbiņas var izmantot bērnu intelektuālajai attīstībai, palīdzot izprast ģeometriskās formas un telpiskās struktūras; tās var izmantot arī pieaugušie, lai mazinātu stresu, ļaujot viņiem atpūsties, spēlējoties ar magnētiskajām bumbiņām; turklāt magnētiskās bumbiņas tiek izmantotas zinātniskos eksperimentos, lai demonstrētu magnētisko lauku un spēku pamatprincipus.
Lietojot magnētiskās bumbiņas, jāņem vērā šādi punkti: Pirmkārt, tā kā magnētiskajām bumbiņām ir spēcīgs magnētisms, izvairieties no to novietošanas elektronisko ierīču tuvumā, lai novērstu traucējumus to normālā darbībā; otrkārt, magnētiskās bumbiņas nav piemērotas maziem bērniem, jo nejauša norīšana var radīt nopietnas veselības problēmas; visbeidzot, izvairieties no ilgstošas magnētisko bumbiņu pakļaušanas augstas temperatūras iedarbībai, jo tas var ietekmēt to magnētismu.